Organami szkoły są:
- Dyrektor zespołu - od dnia 1 września 2008 r. Dyrektorem Zespołu Szkół Zawodowych nr 2 we Wrześni jest Maciej Mielczarek (na podstawie Uchwały Nr 244/2008 Zarządu Powiatu we Wrześni z dnia 12.08.2008 r. w sprawie powierzenia Panu Maciejowi Mielczarkowi stanowiska Dyrektora Zespołu Szkół Zawodowych nr 2 we Wrześni, Uchwały Nr 517/2013 Zarządu Powiatu we Wrześni z dnia 7.05.2013 r. w sprawie powierzenia Panu Maciejowi Mielczarkowi stanowiska dyrektora Zespołu Szkół Zawodowych nr 2 im. Powstańców Wielkopolskich we Wrześni oraz Uchwały Nr 914/2018 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 24.04.2018 r. w sprawie powierzenia Panu Maciejowi Mielczarkowi stanowiska dyrektora Zespołu Szkół Zawodowych nr 2 im. Powstańców Wielkopolskich we Wrześni)
- Rada pedagogiczna
- Samorząd uczniowski
- Rada rodziców
Szkołą kieruje dyrektor, wyłoniony w drodze konkursu, któremu funkcję powierza Zarząd Powiatu Wrzesińskiego, jeżeli organ sprawujący nadzór pedagogiczny nie zgłosi w terminie 14 dni od przedstawienia kandydata na to stanowisko, umotywowanego zastrzeżenia. Organ prowadzący może zgodnie z ustawą odwołać dyrektora z funkcji.
Zakres obowiązków dyrektora szkoły określa ustawa o systemie oświaty (Dz. U. z 2016 r., poz 1943 z późn. zm.).
Rada Pedagogiczna jest kolegialnym organem szkoły w zakresie realizacji jej statutowych zadań dotyczących kształcenia, wychowania i opieki.
W skład Rady Pedagogicznej wchodzą:
W szkole działa Rada Rodziców, stanowiąca reprezentację rodziców uczniów i działająca w oparciu o regulamin swojej działalności, który nie może być sprzeczny ze statutem szkoły i obowiązującymi przepisami prawa.
Rada Rodziców może występować do Rady Pedagogicznej i dyrektora szkoły z wnioskami i opiniami dotyczącymi wszystkich spraw szkoły.
W szkole działa Samorząd Uczniowski reprezentujący wszystkich uczniów szkół młodzieżowych a organem reprezentującym uczniów szkół dla dorosłych jest Rada Słuchaczy, której członkowie wchodzą w skład Samorządu Uczniowskiego.
Reprezentantami ogółu uczniów są organy samorządu:
Samorząd ma prawo przedstawić Radzie Pedagogicznej oraz dyrektorowi opinie we wszystkich sprawach szkoły, w szczególności dotyczących realizacji podstawowych praw ucznia wynikających z ustawy o systemie oświaty: