Organami Zespołu Szkół Politechnicznych im. Bohaterów Monte Cassino we Wrześni są:
1. Dyrektor Szkoły - od dnia 1 września 1999 r. Dyrektorem Zespołu Szkół Politechnicznych we Wrześni jest Bogdan Nowak (na podstawie Uchwały Nr 39/99 Zarządu Powiatu we Wrześni z dnia 13.07.1999 r. w sprawie powierzenia stanowiska Dyrektora Zespołu Szkół Politechnicznych we Wrześni, Uchwały Nr 155/2004 Zarządu Powiatu we Wrześni z dnia 16.06.2004 r. w sprawie powierzenia stanowiska Dyrektora Zespołu Szkół Politechnicznych we Wrześni, Uchwały nr 414/2009 Zarządu Powiatu we Wrześni z dnia 21.07.2009 r. w sprawie powierzenia Panu Bogdanowi Nowakowi stanowiska Dyrektora Zespołu Szkół Politechnicznych we Wrześni , Uchwały nr 793/2014 z dnia 15.04.2014 r. w sprawie powierzenia Panu Bogdanowi Nowakowi stanowiska dyrektora Zespołu Szkół Politechnicznych im. Bohaterów Monte Cassino we Wrześni oraz Uchwały nr 140/2019 z dnia 26.03.2019 r. w sprawie powierzenia Panu Bogdanowi Nowakowi stanowiska dyrektora Zespołu Szkół Politechnicznych im. Bohaterów Monte Cassino we Wrześni).
2. Rada Pedagogiczna
3. Rada Rodziców
4. Samorząd Uczniowski
Zadania i kompetencje organów określa Statut Zespołu Szkół Politechnicznych im. Bohaterów Monte Cassino we Wrześni.
Rada Pedagogiczna, Rada Rodziców i Samorząd Uczniowski uchwalają regulaminy swojej działalności, które nie mogą być sprzeczne z przepisami prawa oświatowego i Statutem szkoły.