Organami Zespołu Szkół Specjalnych we Wrześni są:
Dyrektor ZSS we Wrześni jest dyrektorem szkół wchodzących w skład zespołu. Dyrektor w szczególności:
Rada pedagogiczna jest kolegialnym organem szkoły w zakresie realizacji jej statutowych zadań dotyczących kształcenia, wychowania i opieki.
W skład rady pedagogicznej zespołu wchodzą wszyscy nauczyciele realizujący zajęcia w szkołach wchodzących w skład zespołu. Szczegółowe zasady działalności rady pedagogicznej zostały określone w regulaminie rady pedagogicznej Zespołu Szkół Specjalnych we Wrześni.
W Zespole Szkół Specjalnych we Wrześni działa Rada rodziców, stanowiąca reprezentację rodziców uczniów, wspólna dla trzech szkół wchodzących w skład ZSS we Wrześni. Zasady tworzenia rady rodziców uchwala ogół rodziców uczniów szkół wchodzących w skład Zespołu Szkół Specjalnych we Wrześni. Szczegółowe zasady działalności rady rodziców zostały określone w regulaminie rady rodziców Zespołu Szkół Specjalnych we Wrześni.
Samorząd uczniowski tworzą wszyscy uczniowie szkół wchodzących w skład Zespołu Szkół Specjalnych we Wrześni. Szczegółowe zasady działalności samorządu uczniowskiego zostały określone w regulaminie samorządu uczniowskiego Zespołu Szkół Specjalnych we Wrześni.