Zespół Szkół Specjalnych im. Janusza Korczaka we Wrześni jest oświatową jednostką budżetową, dla której organem prowadzącym szkołę jest Powiat Wrzesiński, a organem nadzoru pedagogicznego jest Wielkopolski Kurator Oświaty.
Na podstawie art.62 i art.58 ust.1 ustawy z dnia 7 września 1991 r. o systemie oświaty (Dz. U. z 2016 r., poz. 1943 z późn. zm.), z dniem 1 września 1994 r. założono publiczną szkołę o nazwie Zespół Szkół Specjalnych we Wrześni, ul. Batorego 8 -Kuratorium Oświaty w Poznaniu: Akt założycielski Nr 30/94 z dnia 27 maja 1994 r.