Wewnętrznymi komórkami organizacyjnymi Starostwa są wydziały, biura i stanowiska samodzielne jedno lub wieloosobowe.
Wydziały, biura i stanowiska samodzielne, każdy w zakresie określonym w Regulaminie Organizacyjnym Starostwa Powiatowego we Wrześni, zgodnie z treścią Uchwały nr 890/2020 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 22 grudnia 2020 r., podejmują działania i prowadzą sprawy związane z realizacją zadań powiatu.
Wydziałami kierują naczelnicy zapewniając właściwe ich funkcjonowanie.
Strukturę organizacyjną Starostwa przedstawia schemat organizacyjny, będący załącznikiem do Regulaminu Organizacyjnego Starostwa.