Wewnętrznymi komórkami organizacyjnymi Starostwa są wydziały, biura, zespoły i stanowiska samodzielne jedno lub wieloosobowe.
Wydziały, biura, zespoły i stanowiska samodzielne, każdy w zakresie określonym w Regulaminie Organizacyjnym Starostwa Powiatowego we Wrześni, zgodnie z treścią uchwały nr 679/2026 Zarządu Powiatu Wrzesińskiego z dnia 25 maja 2026 r., podejmują działania i prowadzą sprawy związane z realizacją zadań powiatu.
Wydziałami kierują naczelnicy lub osoby wskazane w Regulaminie, zapewniając właściwe ich funkcjonowanie.
Strukturę organizacyjną Starostwa przedstawia schemat organizacyjny, będący załącznikiem do Regulaminu Organizacyjnego Starostwa.